En Xfree versión 4 edita este fichero /etc/X11/XF86Config-4
y añade o cambia en la sección"InputDevice" Mouse0 estas lineas:

Option "Protocol" "IMPS/2"
Option "Buttons" "5"
Option "ZAxisMapping" "4 5"

Ahora graba sal y reinicia las X

La ruedecita ya deberia funcionar.