Creas una nueva partición, por ejemplo: /hdc3
Copias todos los directorios de /usr a /mnt/hdc3 
Renombras el fichero /usr como /usr_ant por si las moscas 
Creas el fichero /usr vacío
Actualizas el /etc/fstab con la siguiente línea :
/dev/hdc3 /usr ext2 defaults 0 0
Rearrancas, y después de unos días, para ver que todo funciona bien, borras /usr_ant